Олег Викторович Тиньков, Вениамин Юрьевич Григорьев, Людмила Дмитриевна Григорьева

QSAR-анализ ингибиторов HDAC6

Ингибиторы гистондеацетилаз – важнейший класс лекарственных средств для лечения онкологических и других заболеваний из-за их влияния на рост, дифференцировку и апоптоз клеток. Среди известных восемнадцати гистондеацетилаз важнейшей является гистондеацетилаза 6 (Histone deacetylase 6, HDAC6), участвующая в онкогенезе, выживаемости клеток, а также в метастазировании раковых клеток. С использованием молекулярных 2D-дескрипторов RDKit, симплексных дескрипторов, а также методов "Случайного леса", "Градиентного бустинга", "Опорных векторов" предложен ряд адекватных классификационных моделей количественной связи "структура – активность" (Quantitative Structure – Activity Relationship, QSAR). Для моделей, построенных с помощью симплексных дескрипторов, была проведена структурная интерпретация, позволившая выделить молекулярные фрагменты, повышающие и понижающие активность ингибиторов HDAC6. Результаты структурной интерпретации были использованы для рационального молекулярного дизайна потенциальных ингибиторов HDAC6, для которых также была проведена оценка ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity – всасывания, распределения, метаболизма, выведения, токсичности) свойств. Модели, построенные с помощью 2D-дескрипторов RDKit, находятся в свободном доступе на платформе github по адресу https://github.com/ovttiras/HDAC6-inhibitors.
Ключевые слова: ингибиторы гистондеацетилазы 6, QSAR, молекулярные дескрипторы, машинное обучение, структурная интерпретация
DOI: 10.55959/MSU0579-9384-2-2023-64-1-35-48

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2023, том 64, № 1, стр. 35-48