O.Л. Бодулев, А.В. Грибас, М.М. Вдовенко, И.Ю. Сахаров*

Хемилюминесцентная детекция ДНК ВИЧ на основе аллостерической активации пероксидаза-подобного ДНКзима

Разработан гомогенный хемилюминесцентный метод обнаружения ДНК ВИЧ, основанный на аллостерической активации пероксидаза-подобного ДНКзима (ППДНКзим). Зонды, используемые в анализе, содержат фрагмент ППДНКзима и дополнительную олигонуклеотидную последовательность, комплементарную к ДНК ВИЧ. Взаимодействие фрагмента ППДНКзима и дополнительной олигонуклеотидной последовательности приводит к перестройке структуры G-квадруплекса ППДНКзима и уменьшает пероксидаза-подобную активность зонда. В присутствии ДНК ВИЧ такое взаимодействие разрушается вследствие формирования стабильного дуплекса между дополнительным фрагментом зонда и ДНК-аналитом. В результате происходит некоторая реорганизация структуры G-квадруплекса зонда, сопровождающаяся повышением каталитической активности ППДНКзима. Механизм ДНК-зависимой активации зондов, содержащих ППДНКзим, был подтвержден методом КД-спектроскопии, а также моделированием зондов и их комплексов с ДНК-аналитом. Калибровочные кривые для определения ДНК ВИЧ позволили оценить аналитические параметры анализа. Показано, что предел обнаружения ДНК ВИЧ и ее линейный диапазон составляют 0,3 и 0,3–15 нМ соответственно. Чувствительность анализа очень высока (190 000 нМ^–1). Значения коэффициента вариации (CV), измеренные в рабочем диапазоне, не превышают 4%, что свидетельствует о высокой точности предлагаемого метода анализа.
Ключевые слова: аллостерическая активация, пероксидаза-подобный ДНКзим, хемилюминесценция, ДНК, ВИЧ.

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2018, том 59, № 2, стр. 78-84