О.В. Тиньков, В.Ю. Григорьев, Л.Д. Григорьева

Виртуальный скрининг и молекулярный дизайн потенциальных ингибиторов SARS-CoV-2

Согласно недавно проведенным исследованиям, главная протеаза M^pro вируса SARS-CoV-2, которая является важнейшей мишенью при разработке перспективных лекарственных средств для лечения COVID-19, эволюционно консервативна и не претерпела значительных изменений по сравнению с главной протеазой M^pro вируса SARS-CoV. Многие исследователи отмечают высокую схожесть сайтов связывания главной протеазы M^pro вирусов SARS-CoV и SARS-CoV-2, поэтому в условиях нарастающей эпидемии выглядят логичными дальнейшие исследования ингибиторов главной протеазы M^pro вируса SARS-CoV для борьбы с COVID-19. В ходе исследования с применением симплексных, фрактальных, HYBOT-дескрипторов, методов частичных наименьших квадратов, случайного леса, опорных векторов, градиентного бустинга, а также интернет-платформы OCHEM (https://ochem.eu), в которой реализованы различные типы молекулярных дескрипторов и методы машинного обучения, построены удовлетворительные QSAR-модели. Для полученных моделей проведена структурная интерпретация, позволившая выделить молекулярные фрагменты, повышающие и понижающие активность ингибиторов SARS-CoV. Результаты структурной интерпретации использованы для рационального молекулярного дизайна потенциальных ингибиторов SARS-CoV-2. Полученные QSAR-модели использованы для виртуального скрининга 2087 одобренных FDA лекарственных средств.
Ключевые слова: протеаза M^pro, QSAR, молекулярные дескрипторы, машинное обучение, структурная интерпретация.

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2021, том 62, № 3, стр. 192-212