Е.М. Кирилин, В.К. Швядас
Исследование спектра
конформационных состояний олигосахаридных субстратов нейраминидаз патогенов
методами молекулярного моделирования
Реферат
При комплексном использовании
методов молекулярного моделирования и статистической обработки данных проведен
анализ спектра конформационных состояний олигосахаридных фрагментов гликановых
рецепторов человека LSTa
(α-D-Neu5Ac-(2-3)-β-D-Gal-(1-3)-β-D-GlcNAc-(1-3)-β-D-Gal(1-4)-D-Glc)
и LSTc(α-D-Neu5Ac-(2-6)-β-D-Gal-(1-3)-β-D-GlcNAc-(1-3)-β-D-Gal(1-4)-D-Glc)
в водном растворе, определены основные и минорные структуры, а также выделены
наиболее значимые топологии. Для кольца сиалового остатка каждого из
пентасахаридов построена и проанализирована поверхность свободной энергии
конформационных переходов, определен перечень наиболее вероятных в растворе
искаженных структур, отличных от основного состояния лодки 1С4.
Полученные результаты хорошо согласуются с данными экспериментального изучения
с использованием спектроскопии ядерного магнитного резонанса и рентгеноструктурной
кристаллографии.
Ключевые слова: конформации
сиалогликанов, молекулярное моделирование, метадинамика.
Полный текст статьи в формате PDF
Вестник Московского Университета.
Химия 2018, том 59, № 2, стр. 117-124
Copyright (C) Химический факультет МГУ, 2018
|