А.В. Юминова, И.Г. Смирнова, А.М. Арутюнян, А.М. Копылов, А.В. Головин, Г.В. Павлова

Структура G-квадруплексного ДНК-аптамера к тромбину RA36

Изучена структура 31-звенного аптамерного олигонуклеотида (RA36), более эффективно ингибирующего коагулянтную активность тромбина по сравнению с широкоизвестным аптамером 15TGT (Thrombinbindingaptamer). Аптамер RA36 имеет двухмодульную структуру, в состав которой входят две G-богатых области, способные формировать квадруплекс. Методом кругового дихроизма показано, что аптамер RA36 формирует G-квадруплекс, аналогичный G-квадруплексу 15ТGT. Изучена термическая стабильность G-квадруплекса RA36. При физиологических условиях (концентрация стабилизирующего катиона 5 мМ) температура плавления G-квадруплексов RA36 значительно ниже, чем 15TGT. Спектры КД делеционных мутантов этого олигонуклеотида подтверждают двухмодульное строение RA36, т.е. образование G-квадруплекса в структуре аптамера RA36 как первым, так и вторым G-богатым участком.
Ключевые слова: G-квадруплекс, ДНК, аптамеры, круговой дихроизм, термостабильность.

  Полный текст статьи в формате PDF

Вестник Московского Университета.
Химия 2015, том 56, № 1, стр. 51-55