 |
|
|
22.МБ.410. Сравнительный анализ методов расчета потенциала димера грамицидина А
Дмитриев А. В., Исаев П. П.. (Липецкий государственный педагогический университет, Липецк) 2 Ежегодная молодежная конференция ИБХФ-вузы "Биохимическая физика", Москва, 13-14 июня, 2002: Тезисы докладов. М.:Изд-во ИБХФ РАН. 2002, с. 4. Рус.
Исследуется распределение электростатического потенциала вдоль оси димера грамицидина А в виде DSDH- и HHSH-конформеров, образующих мембранные каналы. В целях выбора наиболее оптимального метода расчета вычислялся вклад в осевой потенциал только зарядов на атомах пептидного димера грамицидина А. Для оценки этих зарядов использовались параметры электростатических взаимодействий силового поля AMBER и полуэмпирические методы квантовой химии: EHMO и CNDO/2 в стандартной параметризации. Атомные координаты для всех рассматриваемых в работе случаев взяты из Банка белковых структур (Protein Data Bank). Проведен сравнительный анализ полученных результатов. Установлено, что заряды на атомах грамицидина А, оцененные методом CNDO/2 и по данным параметров электростатических взаимодействий силового поля AMBER, согласуются друг с другом и являются наиболее реалистичными. Метод EHMO дает завышенные оценки зарядов на атомах, особенно на атомах карбонильных групп, выстилающих полость димера, что оказывает существенное влияние на значения электростатического потенциала во всех точках вдоль оси димера. Проведен сравнительный анализ оцененных осевых электростатических потенциалов DSDH- и HHSH-конформеров грамицидина А..
Ключевые слова: АКК белки, АСП грамицидин А, н димеры, АКК электростатический потенциал
|
|
|
|
Для того, чтобы мы могли качественно предоставить Вам информацию, мы используем cookies, которые сохраняются на Вашем компьютере (сведения о местоположении; ip-адрес; тип, язык, версия ОС и браузера; тип устройства и разрешение его экрана; источник, откуда пришел на сайт пользователь; какие страницы открывает и на какие кнопки нажимает пользователь; эта же информация используется для обработки статистических данных использования сайта посредством интернет-сервисов Google Analytics и Яндекс.Метрика). Нажимая кнопку «СОГЛАСЕН», Вы подтверждаете то, что Вы проинформированы об использовании cookies на нашем сайте. Отключить cookies Вы можете в настройках своего браузера.
Сервер создается при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований
Не разрешается копирование
материалов и размещение на других Web-сайтах
Вебдизайн: Copyright (C) И. Миняйлова и В. Миняйлов
Copyright (C) Химический факультет МГУ
Написать письмо редактору
|
